故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶（木村昴配音）、高仓晶马（木村良平配音）兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬（荒川美穂配音）。有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，但是医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发觉妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发觉倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发觉里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，气运的齿轮又会如何转动？正如本作在结尾所揭示的兄妹三人并没有血缘关系，几原邦彦想要透过“企鹅罐”探讨的是古典的“爱”这一形式，在现代性对日常生活实践的全面异化之下，是否萌生和维系的问题。当人们笑称“不再相信爱情了”时，他们心中的“爱”的理想型，仍然是古典式的，要求其中包含“献身”、“无私”、“热烈”等诸多宏大的叙事。但是这种古典式之“爱”所仰赖的土壤，恰恰却是那个前现代的社会宿命式的、血缘纽带的、宗教和道德的。这之间的鸿沟，或许很大程度上造成了现代人关于“爱”的精神危机。几原在《回转企鹅罐》中依旧搭建了一个舞台，一个存在于物欲横流的东京却关于爱的乌托邦。三个孩子的命运被演绎、被解构，最后冲突达到高潮，生命意志的燃烧望图冲破枷锁以相互交融，本作的悲剧性也达到了顶峰。然而这种戏剧化的情节也最终戛然而止。完美的古典之“爱”存在于几原的构想，即使是“企鹅罐”中个体命运被改变，但与之对应的现代性体制却依旧在继续，就如同那扇“小孩子粉碎机”，日夜不疲地在旋转。几原是愿意去相信“爱”的，也正如他所表述的，爱有力量，爱能去改变；只是面对现代与理性的囚笼时，爱却又显得那么渺小与无力。